在種質創制大科學中心一期建成投用一年后，在西部（重慶）科學城和西南大學的共同努力下，種質創制大科學中心二期工程目前已順利開工。

種質創制大科學中心二期建設面積約為2萬平方米，總投資約8000萬元，由城市建設集團負責建設，建設內容主要為科學實驗室、研發辦公室和展覽報告廳等。

本設計項目整體以科學實驗室，科學培養室為主。整體設計風格力求突出科技感，表達實驗類別為種植的特殊性。整體空間布局采用圓弧形動線，結合種植的展示特點在空間內布置了植物活體箱，讓展示空間顯得流暢富有趣味性。采用極具代表性的藍色為主體色調，利用LED的線性冷光源布置營造出富有層次的遞進的科技氛圍感。實驗室區域作為科技感設計的延續，做到了色調統一，材質相近，滿足實際使用功能的大前提下讓整體風格清爽簡約。沙龍區域實現功能與審美的統一，采用木質飾面板材質結合天棚石膏板造型，簡約大氣的空間布局同樣利用燈光的變化營造出不同的使用狀態的氛圍效果。會議室及辦公區同樣做到了裝飾材質的統一，視覺效果的延續。

項目建成后將用于培育馬鈴薯、水產資源庫、羅非魚、油菜、茶樹、柑橘等的培育利用與產業化生產。建設國家種業創新高地，創制出上萬個模式物種突變品系、上千個生產實用品系、上百個對國民經濟和社會發展產生重大影響的品種，培育3—4家具有國際競爭力的上市種業企業，形成種質創制千億級產業集群。